國家科技部與澳門特區政府科技委員會在2005年10月簽署了《內地與澳門成立科技合作委員會的協議》，透過成立委員會舉行定期會議，組織及協調兩地有關部門在科技及相關產業上的交流合作，以推動雙方在有關領域上的發展。自2021年改組成經科局並新增推動科技創新發展的職能後，上述委員會的澳方聯絡辦公室移至經科局。

自2007年委員會舉行第一次會議後，有關會議每年分別在澳門或內地舉行。最近一次為2023年10月於澳門舉行的第十七次會議，國家科技部、澳門中聯辦、中國科學院、國家自然科學基金委員會、中國科協、廣東省科技廳、珠海市人民政府及市科創局、橫琴深合區經發局等部門，以及澳門的經濟財政司司長辦公室、經科局、科學技術發展基金、教育及青年發展局、海事及水務局、環境保護局、郵電局、藥物監督管理局、生產力暨科技轉移中心、澳門大學、澳門理工大學和澳門科技大學等機構均有派代表參會。